Jak w przypadku każdego schorzenia jest wiele przyczyn, które prowadzą do dysfunkcji stawu skroniowo-żuchwowego. Wśród najczęstszych przyczyn dolegliwości na pierwszym miejscu zwykle wymienia się stres, w którym nieświadomie mocno zaciskamy szczęki i napinamy mięśnie twarzy. Kolejną przyczyną jest bruksizm, czyli nieświadome zgrzytanie zębami i bardzo mocne zaciskanie szczęk podczas snu. Niebagatelne znaczenie mają też urazy mechaniczne, które są przyczyną zmian w budowie stawów, żuchwy czy szczęki, jak wypadki samochodowe czy uderzenie w tył głowy. Dysfunkcja stawów skroniowo-żuchwowych może się rozwinąć także wtedy, gdy z powodu braku zębów ich powierzchnie nie stykają się prawidłowo, co prowadzi do choroby okluzyjnej, czyli niszczenia zębów w wyniku nieprawidłowego stykania się (tzw. kontaktów) zębów szczęki i żuchwy. Specjaliści podkreślają, że przyczyną dysfunkcji może być również nawykowe żucie gumy, obgryzanie paznokci oraz niekontrolowane nagryzanie lub zwijanie warg podczas prac wymagających koncentracji. Choroby reumatyczne, ale dla stawów skroniowo-żuchwowych groźne są przede wszystkim te schorzenia, które atakują mniejsze stawy, jak np. reumatoidalne zapalenie stawów.